Spesso capita di fare confusione quando si parla di Bonarda perché il suo significato varia a seconda di dove ci si trovi, attitudine peraltro molto diffusa in Italia.
Nella migliore delle ipotesi - in provincia di Pavia, in Lombardia - ci riferiamo alla Bonarda dell'Oltrepò Pavese DOC, un vino rosso prodotto con uve di Croatina per almeno l'85%. Quest'uva è presente anche in altri vini più o meno noti, come Gutturnio DOC o Colli Piacentini Rosso DOC.
Meno nota è invece l'uva Bonarda, che non ha alcun legame né con la citata Croatina, né con l'Uva rara (nell'Alto Piemonte chiamata Bonarda novarese o Bonarda di Gattinara). Si coltiva in Piemonte e viene utilizzata per lo più in combinazione con altre uve; in purezza la troviamo nella denominazione Piemonte Bonarda DOC.